پایان نامه جستجوی ژنهای حدت (iutA،traT، sitA و (tsh در اشرشیاکولایهای جدا شده از نمونههای ادرار انسان و کلی باسیلوزماکیان
فهرست محتوا
فهرست مطالب
- فصل اول: مقدمه
- 1-1. مقدمه 1
- فصل دوم: کلیات
- 2-1. خانواده انتروباکتریاسه 3
- 2-2. جایگاه طبیعی. 3
- 2-3. تمایز آنتروباکتریاسه 3
- 2-4. خصوصیات ظاهری اشریشیاکولای. 4
- 2-5. ویژگیهای کشت اشریشیاکولای. 4
- 2-6. خصوصیات بیوشیمیایی اشریشیاکولای. 5
- 2-7. خصوصیات سرولوژیکی اشریشیاکولای. 7
- 2-8. عوامل حدت اشریشیاکولای. 9
- 2-8-1. هماگلوتینین حساس به حرارت.. 10
- 2-8-2. سیستم های کسب آهن. 11
- 2-8-3. گیرنده ائروباکتین. 12
- 2-8-4. نقش ژن sitA. 14
- 2-8-5. نقش پروتکتین خارج غشایی((TraT. 14
- 2-9. فرآوردههای سلولی منحصر به اشریشیاکولایهای بیماریزا 15
- 2-10.عفونت های خارج روده ای اشریشیاکولای در انسان. 17
- 2-10-1. عفونت مجرای ادراری. 17
- 2-10-2. مننژیت نوزادان. 17
- 2-10-3. سپتی سمی. 18
- 2-11. بیماری زایی اشریشیاکولای در طیور 18
- 2-11-1. اپیدمیولوژی. 19
- 2-11-2. پاتوژنز بیماری. 20
- 2-11-3. فاکتورهای مستعد کننده در بروز بیماری وشدت آن. 21
- 2-11-4. بیماری کلی سپتی سمی. 21
- 2-11-5. علایم بالینی. 22
- 2-11-6. علائم کالبد گشایی. 23
- 2-11-7. تشخیص :Diagnosis. 24
- 2-11-8. تشخیص تفریقی. 24
- 2-11-9. درمان. 25
- 2-12. سایر بیماریهای ناشی از اشریشیاکولای. 25
- 2-12-1. عفونت دستگاه تنفس… 25
- 2-12-2. عفونت زرده و بند ناف.. 26
- 2-12-3. سالپنژیت یا تورم مجرای تخم. 27
- 2-12-4. سینوویت.. 27
- 2-12-5. پان افتالمی. 28
- 2-12-6. کلی گرانولوما 28
- 2-12-7. سندرم کله بادی: Swollen head syndrome. 29
- 2-12-8. سلولیت.. 29
- 2-13. مبانی الکتروفورز 30
- 2-13-1. ژل آگاروز 30
- 2-13-2. بافرهای الکتروفورز 32
- 2-13-3. بافرهای بارگذار الکتروفورز 33
- 2-13-4. اتیدیوم بروماید. 34
- 2-13-5. نحوه انجام الکتروفورز 34
- فصل سوم: مواد و روش کار
- 3-1. وسایل و مواد مورد نیاز 37
- 3-1-1. وسایل آزمایشگاهی لازم 37
- 3-1-2. دستگاههای مورد استفاده 37
- 3-1-3. مواد مصرفی جهت کشت و جداسازی اشریشیاکولای. 37
- 3-1-4. موادمصرفی برای استخراج DNA.. 38
- 3-1-5. مواد مصرفی برای PCR.. 38
- 3-1-6. مواد مصرفی برای الکتروفورز 39
- 3-1-7. محلولهای مورد استفاده 40
- 3-2. طرز تهیه X TBE10. 40
- 3-3. روش کار شامل مراحل زیر میباشد. 40
- 3-3-1. نمونه برداری: 41
- 3-3-2. روش جداسازی وکشت اشریشیاکولای. 41
- 3-3-3. طریقه استخراج DNA.. 43
- 3-3-4. آماده سازی پرایمرها 44
- 3-3-5. روند انجام PCR.. 44
- 3-3-6. روش تهیه ژل آگاروز 46
- 3-3-7. روند اجرای الکتروفورز 47
- 3-3-8. ردیابی محصولات PCR الکتروفورز شده ومشاهده باندها 48
- 3-3-9. آنالیز آماری. 48
- فصل چهارم:نتایج
- 4-1. نتایج. 49
- فصل پنجم:بحث،نتیجه گیری و پیشنهادات
- 5-1. بحث.. 56
- 5-2. نتیجه گیری. 61
- 5-3. پیشنهادات.. 62
- فصل ششم: منابع و مآخذ
- منابع فارسی. 65
- منابع انگلیسی. 67
1. اول: مقدمه
1-1. مقدمه
بیماری کلی باسیلوز طیور به هر نوع عفونت عمومی یا موضعی اطلاق میشود که توسطاشریشیاکولای پاتوژنیک طیور سبب بروز سپتی سمی کشنده حاد، پریکاردیت تحت حاد، پری هپاتیت و سالپنژیت میگردد. این بیماری به واسطه مرگ و میر، کاهش تولید و حذف لاشهها در کشتارگاههای طیور مسئول زیانهای اقتصادی گسترده در صنعت طیور میباشد ((Rocha et al., 2008; Nolan et al., 2003. از سوی دیگر، عفونتهای مجاری ادراری توسط اشریشیاکولای یوروپاتوژنیک، تنها در ایالات متحده سالانه میزانی بالغ بر 1.6 میلیارد دلار از هزینههای درمانی را به خود اختصاص دادهاند. (Zhao et al., 2006) عوامل ایجاد کننده هردو دسته از عفونتها، متعلق به گروه بزرگی از اشریشیاکولای هستند که معمولا میل به اتصال و کلونیزاسیون در اعضایی خارج از روده میزبانهای مربوطه را دارند و اشریشیاکولای خارج رودهای نامیده میشوند.[1](ExPEC) که شامل اشریشیاکولای یوروپاتوژنیک[2](UPEC) و اشریشیاکولای عامل مننژیت نوزادان (NMEC)[3]و اشریشیاکولای پاتوژن طیور[4]((APEC میباشد، تنوع ژنومی گسترده را نشان میدهد و دارای دامنه وسیعی از [5]عوامل مرتبط با حدت است که این عوامل شامل ادهزین ها، توکسین ها، عوامل کسب آهن، لیپوپلی ساکارید ها، پلی ساکارید های کپسولی و [6]اینویسین ها میباشد. این عوامل به کرات در جزایر و عوامل متحرک DNA کد شدهاند (Vandekerchove et al., 2005). به دلیل وجود شباهتهایی میان سویههای APEC و UPEC در ایجاد بیماری در این مکانهای خارج رودهای، این احتمال وجود دارد که آنها از لحاظ محتوای ژنهای حدت و ظرفیت ایجاد بیماری با یکدیگر متشابه باشند. در صورت اثبات وجود تشابه در ساختار ژنتیکی میان جدایه APEC و جدایه های UPEC، این احتمال وجود دارد که بتوان APEC را به عنوان منبع (یا منشا یی) برای UPEC انسانی دانست و یا حداقل APEC را به عنوان مخزنی برای انتقال ژنهای حدت به UPEC قلمداد کرد (Zhao et al., 2006). باتوجه به تاثیر فراوان فاکتورهای حدت موثر در کسب آهن نظیر) ژنهای iutA, sitA)، مقاومت در برابر کشندگی سرم (ژن traT) و هماگلوتیناسیون (ژن tsh) در پایه گذاری عفونتهای کلی باسیلی در طیور و عفونتهای[7] UTI در انسان، نیاز مبرم به شناخت توزیع این عوامل در میان جمعیتهای پاتوتیپ های APEC در طیور و UPEC در عفونتهای UTI احساس میشود، از این رو پایان نامهٔ حاضرتحت عنوان”جستجوی ژنهای حدت (iutA،traT،sitA و (tsh در اشرشیاکولایهای جدا شده از نمونههای ادرار انسان و کلی باسیلوزماکیان“تهیه و تدوین شد. امید است که تلاش بکار رفته، در این تحقیق بتواند دستمایه ای هرچند ناچیز در جهت شکوفایی روزافزون صنعت طیور و همچنین کاهش میزان شیوع بیماریهای UTI و مشخص شدن ابعاد فرضیه مخزن بودن طیور برای سویههای UPEC، واقع شود.
1-2. خانواده انتروباکتریاسه
خانواده انتروباکتریاسه، انتروباکتریا و یا باکتریا های روده ای، گروه بزرگی از باسیل های نامتناجنس، گرم منفی، بی هوازی اختیاری و یا اندازه متوسط می باشند. زیستگاه اصلی بیشتر گونه ها دستگاه گوارش انسان و حیوانات است. بعضی از گونه ها آزاد زی بوده و در خاک وآب وجود دارند. این خانواده بیش از 12 جنس می باشد. باکتری های روده ای اکسیداز منفی، کاتالاز مثبت، (جز بعضی استثنا ها) غیر اسپورزا، تخمیر کننده (اغلب همراه با تولید گاز) و معمولا متحرک هستند (کارتر و وایز، 2004).
1-3. جایگاه طبیعی
آنها گسترش جهانی داشته و دارای گونه های غیر بیماری زای زیاد و تعداد محدودی از گونه های بالقوه بیماری زا می باشند. باکتری های روده ای مانند اشکال رویشی باکتری ها به ویژه نسبت به تاثیرات ضد عفونی کننده ها، عوامل فیزیکی و شیمیایی مقاوم نیستند. نور خورشید و خشکی به سرعت آنها را از بین می برند، انجماد چنین تاثیری ندارد (کارتر و وایز،2004).
1-4. تمایز آنتروباکتریاسه
پرگنه های باکتری های روده ای مختلف معمولا بر روی محیط آگار خوندار بسیار شبیه به هم بوده، اگرچه بعضی از سویه ها موکوئیدی بوده و بعضی همولیتیک هستند. پرگنه های متعلق به جنس های مختلف بر روی محیط های انتخابی اختلاف قابل ملاحظه ای باهم دارند که این تفاوت ها در تشخیص احتمالی مفید می باشند (کارتر و وایز، 2004).
1-5. خصوصیات ظاهری اشریشیاکولای:
اشریشیاکولای باکتری میلهای شکل و گرم منفی با طول 2 تا 6 میکرون و عرض 1 تا 5/1 میکرون است که در شرایط متفاوت رشد از نظر خصوصیات ظاهری متغیر میباشد. بعضی گونههای آن فاقد حرکت است و در صورت متحرک بودن واجد تاژک اطرافی میباشد و اصولا فاقد هاگ است. از نظر کپسول در بعضی گونهها کپسول وجود دارد ولی اغلب فیمبریه یافت میشود (حسنی طباطبایی و فیروزی، 1384).
1-6. ویژگیهای کشت اشریشیاکولای
اشریشیا ها بی هوازی اختیاری هستند. به سهولت در تمام محیطهای کشت معمولی تکثیر مییابند. این باکتریها در درجه حرارت بین 44-18 درجه سانتی گراد رشد میکنند ولی درجه حرارت مناسب رشد آنها 37-30 درجه سانتی گراد است. (Nolan et al., 2013) بیشتر سوش های آن در محیط های افتراقی باکتری های روده ای در شکل کلونی های تخمیر کننده لاکتوز ظاهر می شوند (جاکلیک و همکاران،1386). روی محیط کشت ائوزین متیلن بلو کلنیهایی به قطر 3-1 میلی متر تولید میکنند. کلونی های دارای حاشیه نامنظم هستند. کلونی های صاف نیز ظاهری مرطوب داشته و چسبناک هستند. که دارای درخشندگی متالیک یا جلای فلزی با مرکزی تیره هستند. روی محیط مک کانکی کلنی کلی فرمها به رنگ صورتی روشن دیده میشوند که معمولا به وسیله هالهای از رسوب احاطه شده است. تعدادی از سوشهای اشریشیاکولای در روی محیط ژلوز خوندار همولیز ازنوع β ایجاد مینمایند. ایجاد همولیز در APEC معمول نیست. اشریشیاکولای بسرعت در محیط های براث تولید تیرگی (مه آلودی) منتشر می کند. (Nolan et al., 2013) اکثریت آنها بر روی آگار خوندار بدون رنگدانه و متحرک هستند
نقد و بررسیها
هنوز بررسیای ثبت نشده است.