پایان نامه تعيين ژنوتايپ ويروس هپاتيپ B در اهداء كنندگان 3 استان كرمان، يزد و اصفهان
فهرست:
روش اجرا
نوع مطالعه، جامعة مورد مطالعه و نمونه گيري
نوع مطالعه : توصيفي
جامعة مورد مطالعه : افراد اهداء كننده
تعريف انواع اهداء كننده :
اهداء كننده بار اول : به اهداءكنندهاي گفته ميشود كه براي اولين بار مبادرت به اهداء خون كرده است.
اهداء كننده با سابقه : اهداء كنندهاي است كه سابقه يك بار اهداء خون در طي ساليان گذشته را داشته باشد.
اهداء كننده مستمر : اهداء كنندهاي است كه حداقل در طي يكسال دوبار به اهداي خون مبادرت نموده است.
روش نمونه گيري : نمونه گيري بصورت تصادفي ساده ميباشد.
روش انجام كار : براي جمع آوري اطلاعات از افرادي كه جهت اهداي خون مراجعه ميكنند از روش مصاحبه مشاهده و آزمايش استفاده ميشود و نمونه افرادي كه HDSAG آنها باشد جهت مطالعه انتخاب ميشود. ابتدا بر روي نمونهها عمل استخراج DNA ويروس ؟ B انجام ميپذيرد سپس با استفاده از پرايمر اختصاصي جهت ژن B و با استفاده از روش mested PCR ژنP تكثير ميشود آنگاه محصول PCR تعيين توالي ميشود.
نحوه اجراي تحقيق : مطالعه انجام شده يك مطالعه قطعي ميباشد كه بر روي اهداء كنندگان خون 3 پايگاه يزد، اصفهان و كرمان انجام ميشود به هنگام نمونه گيري از هر يك از اهداء كنندگان خون درخواست شد تا پرسش نامهاي را تكميل نمايند كلية مشخصات اهداء كنندگان شامل نام و نام خانوادگي، سن و جنس و تحصيلات و دفعات اهداء خون و عوامل و غيره ثبت و ضبط شده باشد (پرسشنامة صفحه بعد) و 120 نمونه خون HBSAG جهت مطالعه جمع آوري شد.
هدف تحقيق :
هدف اصلي اين مطالعه تعيين ژنوتايپ ويروس هپاتيپ B در اهداء كنندگان 3 استان كرمان، يزد و اصفهان است.
برنامه آناليز آماري كه بر روي اطلاعات خام انجام گرفته است:
در اين پژوهش پس از تعيين دادههاي خام بدست آمده و وارد كردن آنها به كامپيوتر و افزودن نتايج حاصل از آزمايشات انجام شده به آنها با استفاده از برنامه از نوشته شده (SPSS) جداول توصيفي گرديدهاند براي تعيين ارتباط (معنا دار بودن) از آزمون cha square يا xf استفاده شد فرول آزمون به ترتيب زير است :
درجه آزادي
اختلاف معنا دار p<0/05 در نظر گرفته شد.
آزمايش مولكولي :
براي تخمين ويروس هپاتيت B از روشهاي سرولوژي و براي شناسايياش از روش مولكولي استفاده ميشود PCR براي شناسايي ويروس درخون روشي بسيار اختصاصي و حساس ميباشد و حضور ميزان كمي از DNA HBV ممكن است براي زمان طولاني مرسوم قابل بررسي باشد و ابزار مناسبي براي تشخيص DNA ويروس در خون مادر؛ جنين و مايع آمونياك محسوب ميشود به طور كلي DNA ي يكي از انواع PCR كه در تعيين DNAي ويروس هپاتيت Bنيز به كار ميرود nested PCR است كه با پرايمرهاي اختصاصي در برخي مطالعات استفاده شده است علاوه بر pcr nested از Red times PCR نيز براي تشخيص DNA HBV استفاده ميشود.
به منظور انجام PCR در ابتدا بايد به DNA HBV دست يافت. بنابراين استخراج DNA صورت ميگيرد و پس از آن PCR انجام ميگيرد و در نهايت جهت بررسي اين كه DNAي HBV در نمونة مورد بررسي حضور داشته است يا خير از روش ژل الكتروفروز استفاده ميشود.
استخراج DNA
از كميت استخراج اسيد نوكلئيك با خلوص بالا بر روي استخراج DNA HBV استفاده ميشود اين كميت براي خالص سازي اسيد نوكلئيك ويروس از سرم، پلاسما يا خون كامل پستانداران طراحي شده است.
پوشش ليپدي سلول پستاندارد در حضور پروتئيناز K و Glanidine تخريب ميشود اسيد نوكلئيك موجود در محيط آزمايش به طور انتخابي به فيبرهاي شيشهاي مخصوص در سلولهاي حاوي فيلتر متصل ميشوند. در نهايت پس از طي مراحل شست و شو، تركيبات سلولي حذف ميگردد و اسيد نوكلئيك خالص در اتصال با فيلتر باقي ميماند. افزودن بافر رقيق كننده باعث رها شدن اسيد نوكلئيك از فيلتر ميشود.
PCR
PCR يا واكنش زنجيرهاي پلي مر از روش ساده و در عين حال ظريف است كه براي تكثير قطعهاي خاص از توالي DNA در شرايط آزمايشگاه كاربرد دارد. در اين روش با انجام يك واكنش آنزيمي ميليونها نسخه از توالي مورد نظر بدست ميآيد.
در 1971، روشي براي تكثير يك منطقه از DNAي دو رشتهاي با استفاده از دو آغازگر (Primer) ساختگي طراحي شده با وجود در دست بودن اين مفهوم، روش استفادة مكرر از اين امر براي انجام تكثير Amplification تا 12 سال بعد، كري موليس (kavy mullis) در بهار 1983 ، اين ايده را در ذهن خود پرورش داده و در نهايت در 19910 م فرايند PCB را ابداع كرد. مطرح نشده بود موليس در 1993 م، به خاطر اين كشف موفق به دريافت جايزة نوبل گرديد. روش PCR مطابق اسلوبي است كه داخل هستة سلول براي براي از ياد DNA در زمان تقسيم رخ ميدهد. در سلول زنده يك فرايند پيچيده ناشي از عملكرد بروتيشنهاي مختلف موجب همانند سازي ژنوم ميگردد كه در ساده ترين تعريف ميتوان گفت در همانند سازي DNA دو رشته از هم گسيخته ميشود و هر رشته از مولكول اوليه به عنوان الگوي ساخت رشتة مكمل به كار ميرود. همانند سازي در اين مرحله بر اصل ارائه شدة واتسون – كه يك استوار است؛ اصلي كه بيان ميدارد نوكلئوتيد A همواره با نوكلئوتيدT ، و نوكلئوتيدC با نوكلئوتيد G جفت ميشود (saiki et al 1985)
در PCR، يك سيستم بافري وجود دارد كه در آن DNA پليمر از توالي خاصي از مولكول DNA را تكثير ميدهد. در اين سيستم اكسي نوكلئوتيدها به عنوان واحدهاي ساختماني براي ساخته شدن رشتة جديد به كار ميروند. در اين ميان پرايمرهاي اليگونوكلئوتيدي اختصاصي ناحيهاي خاص از رشته الگو را براي همانند سازي برجسته ميسازند.
PCR سه مرحله دارد كه با استفاده از تغييرات دما انجام ميشود.
1- تقليب (Donaturation) در اين مرحله، DNA الگوي دو رشتهاي بوسيلة گرما تقليب ميشود. عموماً اين كار در دماي ْc95 صورت ميگيرد.
2- به هم پيوستن Annavling مخلوط واكنش تا رسيدن به دماي اتصال به سرعت سرد ميشود و در اين حالت امكان اتصال و هيبريد شدن پرايمرها را با الگو فراهم ميآورد. در اين مرحله آنزيم DNA پلي مر از مقاوم به گرما ميتواند فرايند تكثير را آغاز كند.
3- ساخت DNA : با توجه به دماي بهينة كاركرد آنزيم DNA پلي مر از مقاوم گرمايي، مخلوط واكنش، تا Cْ72 گرم ميشود تا تكثير DNA انجام شود.
مهمترين متغيرهاي تاثير گذار در اختصاصي بودن يك واكنش PCR عبارتند از دماي به هم پيوستن، برنامه و تعداد چرخه و تركيب بافر اختصاصيت بالا در PCR با بهينه كردن موارد زير حاصل ميشود.
- غلظت بهينة Mg+2 ساير يونها، پرايمرها، DNTP ها وdna پلي مر از
- تقليب موثر، دماهاي اتصال بالا و بالا بودن سرعت تغيير دما (Ramping Rate)
- محدود كردن تعداد چرخهها و طول مدت آنها
- كلايي دستگاه ترموسايكلر
- افزودنيهاي PCR
- كيفيت الگو
- Nested PCR (2006 Mcpherson et al.)
PCR Nested :
در روش PCR Nested از دو جفت پرايمر استفاده ميشود به طوري كه جفت دوم در بين جفت اول جاي ميگيرد در اين روش، ابتدا پرايمر بيروني توالي هدف، در طول 15-30 چرخه تكثير ميشود كه احتمال دارد به ميزان دلخواه اختصاصي نباشد. سپس محصول PCR حاصل به لولهاي ديگر منتقل ميشود و به عنوان الگو و با استفاده از جفت پرايمر داخلي مرحلة دوم PCR انجام شده و ترادف كوچكتري از DNA كه درون محصولPCR رولي است به اندازة 15-40 چرخة تكثير ميشود كه خصوصيت آن، تكثير قسمت داخلي تر يا به عبارت ديگر اختصاصي تر ميباشد. مزاياي اين روش تغيير يافتة PCR عبارت است از :
- نياز به پروپ (كاوشگر) و تأييدهاي بعدي كمتر است.
- حساسيت در اين روش به ميزان زيادي بالاتر است.
- به دليل انتقال محصول PCR دور اول به لولة جديد، ممانعت كنندهها رقيق ميشود (يعني 1386)
ژل الكتروفروز :
يكي از روشهاي متداول مشاهدة محصولات واكنش PCR (به طور كلي DNAي دو رشتهاي رنگ آميزي DNA با اتيديون برومايه و بارگذاري (LOAD) درون چاهك بر روي ژل آكارز است. آگار مخلوطي از دو پلي ساكاريد آگارز و آگاروپكتين است كه از چند جلبك دريايي بدست ميآيد. خاصيت ژلهاي آگار به طور عمده بدليل وجود آگارز است و خصوصيات نامطلوب آن در حين (الكترواسموز و كد رشدگي) از آگاروپكتين ناشي ميشود. انواع مختلفي از آگارز را شركتهاي سازنده توليد ميكنند كه تفاوت آنها در ميزان خلوص آگارز از نظر عدم حضور پلي ساكاريدهاي باردار(كه موجب الكترواسموز ميشوند) درجة ذوب، قوام و ميزان شفافيت است با برقراري يك جريان الكتريكي و در حضور بافر عبور دهندة جريان، قطعات DNA كه داراي بار منفي هستند، بر مبناي طول خود با سرعتهاي متفاوتي در ژل آگارز حركت ميكنند از قطب منفي به سمت قطب مثبت ميروند و بنابراين به تفكيك طول از يكديگر جدا ميشوند در اين حالت اگر يك رنگ آشكار ساز مانند اتيديوم برومايد در بافر الكتروفروز يا ژل موجود باشد در لابهلاي بازهاي DNA ي دو رشتهاي وارد ميشود و با استفاده از پرتوهاي (ultro violet) همچنين با استفاده از يك اندازه نماي SONA (DNA sizar marker) با پلههايي به طول متخصص (به عنوان راهنما براي بررسي نمونههاي آشكار شده روي ژل) ميتوان DNA را بر روي ژل مشاهده كرد.
توجه به اين نكته ضروري است كه قدرت تفكيك ژل در يك محدودة مشخص نسبت مستقيم با غلظت ژل دارد. بنابراين براي آشكار سازي قطعات كوچك يا در مواردي كه هم زمان دو يا چند قطعه با تفاوت طول كم در يك نمونه وجود دارد كه احتياج به تفكيك بيشتر است، از ژل غليظتر و براي قطعات بزرگتر يا در مواردي كه هم زمان دو يا چند قطعه با تفاوت طول بيشتر در يك نمونه وجود دارد كه احتياج به تفكيك خيلي بالا نيست، از ژلي با غلظت كمتر استفاده ميشود.
تعيين توالي مولكول DNA (Soguncing)
امروزه تعيين توالي DNA در زمره انديشمندترين ابزارهايي است كه در زيست شناسي ملكولي براي شناسايي و تعيين محل دقيق نوكلئوتيدها در ساختمان ژنها مورد استفاده قرار ميگيرد.
نخستين بار فردريك سنگر (1974) روش تعيين توالي A را با استفاده از دي اكسي نوكلئوتيدتري فسفاتها و بر مبناي ساخت DNA معرفي نمود قرار گرفتن اين نوكلئوتيدها كه در محل 3 كلكول قند فاقد اكسيژن هستند در عين پليمراسيون در طول زنجيره DNA موجب ختم سنتز رشته جديد ميگردد و در صورتي كه بين نوكلئوتيدهاي راديواكتيو نشاندار شده باشند ميتوان محل نوكلئوتيدها را در هر رشته متخصص نمود.
تقريباً به صورت همزمان روش ديگري براي تعيين توالي بوسيله الن ماگنتام والترگيلبرت ابداه شد كه به روش شكسته شدن شيميايي معروف است در اين روش DNA در محل هر يك از نوكلئوتيدهاي چهار گانه بوسيله مواد شيميايي خاصي شكسته ميشوند كه پس از الكتروفروز محل نوكلئوتيدها در زنجيره DNA قابل خواندن خواهد بود.
نقد و بررسیها
هنوز بررسیای ثبت نشده است.